"ควรใช้อะไร"
เอาเป็นความเห็นส่วนตัวก็แล้วกันนะครับ เพราะคงไม่กล้าที่จะระบุได้แน่นอน ว่าควร หรือไม่ควร อย่างไร

- Access กับ MS SQL มาจากค่ายเดียวกัน (microsoft) จะทำงานร่วมกันได้ดีกว่า (ชนิดของข้อมูล จะใกล้เคียงกัน ถ้ามีพื้นฐานคล่องมาจาก Access จะเขียนโค้ดได้ง่ายครับ)
เพราะปัญหาหลักๆ ของการเปลี่ยนชนิดฐานข้อมูล หรือย้ายข้อมูลข้าม DBMS มักจะมีปัญหากับเรื่องนี้เป็นหลักเลยครับ เท่าที่ผมเคยมา

- การทำงานร่วมกับ "ภาษาไทย" ทั้งในส่วนของข้อมูลและ ชื่อออบเจค MySQL อ่อนแอกว่า MS SQL ครับ (แม้ปัจจุบันจะดูดีขึ้นในเวอร์ชั่นหลังๆ แต่ก็ต้องอาศัยความเข้าใจในหลักการ การเข้ารหัสตัวอักษรบ้าง แต่สำหรับ MS SQL คุณไม่ต้องสนใจเรื่องเหล่านี้เลย แทบไม่ต้องรู้ว่านั่นคือปัญหา)

- MySQL ฟรี และพัฒนาอย่างต่อเนื่องและแตกแขนงได้มากมายรวดเร็ว จน.... เราไม่มีเวลาหรือความกล้าพอที่จะเอาข้อมูลสำคัญๆ ของเราไปทดสอบเวอร์ชั่นใหม่ๆตามมันนักหรอก

- MySQL ปกติทำงานได้ดีบน linux แต่ปัจจุบันปรับตัวได้ดีมาก กับระบบวินโดวส์ แต่วินโดวส์ก็ดันไม่หยุดนิ่ง มันไปถึง windows 7 แล้ว (Vista ยังไม่คล่องเลยนะเนี่ย)

..... อ้างอิงคำพูดผมไม่ได้เด้อ มันแค่ความคิดเห็น จากประสบการณ์ส่วนตัว (ที่...ก็ไม่ได้มากมายอะไรนัก เพียงอยากมีส่วนร่วมในการออกความเห็น อิอิ ) ....

ข้อมูลคุณเยอะขนาดไหนครับ ผมว่าใช้ MDB ของ Access ก็น่าจะเีพียงพอแล้ว